La chiesa ad aula è costruita sopra un edificio precedente all'inizio del XIV sec. con coro poligonale (1313) e cappelle laterali. Il coro venne modificato in stile barocco nel 1740 (stucchi). Cappella di San Giovanni con importante decorazione ad affresco, prima metà del XIV sec. Resti di affresco sono presenti nel chiostro. L'interno della chiesa, del tipo a sala, è diviso in tre navate da pilastri ottagonali reggenti volte reticolate. Il presbiterio, aggettante, venne decorato con leggeri stucchi in stile rococò nel 1740.

Originariamente vi erano quattro cappelle, danneggiate gravemente durante la seconda guerra mondiale. Fra il 1971 e il 1972 venne ricostruita tuttavia la cappella che attorno al 1600 venne fatta erigere dai commercianti bolzanini, detta appunto "Cappella dei Mercanti", che si trova sulla sinistra, in fondo. La cappella esibisce, su un altare risalente al 1642, la Visione di Soriano, una tela del Guercino, che rappresenta un tema ricorrente nella storia dell'Ordine: l'apparizione a un confratello del convento di Soriano Calabro, della Vergine, insieme alla Maddalena e a santa Caterina d'Alessandria, che lasciarono al convento un drappo con l'immagine del fondatore dell'Ordine che tiene nelle mani un giglio e un libro, simboli della purezza e della sapienza. Sulla parete destra, di fronte a questa cappella, si trova un affresco, detto affresco di Castelbarco, diviso in quattro parti.

In passato erano visibili più affreschi rispetto ad oggi: la cappella di San Nicola era affrescata da Guariento di Arpo, Haus Stotzinger da Ulma dipinse l'importante affresco Madonna tra santi (1404) che univa elementi tedeschi ad altri italiani; inoltre sono conservati una Madonna in Trono di scuola veronese (1379) e Quattro santi (1400) della scuola di Martino da Verona.

La cappella dedicata a San Giovanni include un ciclo di affreschi della prima metà del XIV secolo, eseguiti della Scuola di Giotto: Leggenda di San Giovanni, Storie di Maria, Leggenda di San Nicolò, fra cui spicca la scena del cavaliere dell'Apocalisse con sotto i peccatori.

Il chiostro dell'antico convento dei Domenicani venne menzionato per la prima volta nel 1308. L'arco costale venne costruito nel 1495 dal maestro Hans Hueber. Con Friedrich Pacher il chiostro assunse una configurazione uniforme. Le pitture murali che vanno dal XIV al XVI secolo, raccontano le tappe della Vita di Cristo. Dal chiostro è possibile entrare nella Cappella di Santa Caterina, dove sono conservati affreschi giotteschi del Quattrocento.