Il complesso era fin dall'origine imponente: includeva una chiesa, i due chiostri e le celle dei monaci, il tutto cintato da mura perimetrali esterne. Nel suo primo periodo la Certosa era rinomata per le attività scolastiche che si svolgevano al suo interno: i monaci studiavano astronomia, matematica e fisica. I certosini inoltre ospitarono per diversi anni una delle prime stamperie dell'Italia Settentrionale.

Verso la metà del Cinquecento parte del complesso venne distrutto e tra il 1673 e il 1722 venne costruita, su progetto di Francesco Pescaroli, l'attuale chiesa barocca ed un nuovo chiostro, ancora ben conservati. Nel 1769 il monastero certosino fu soppresso e il complesso fu drasticamente ristrutturato per accogliere una manifattura di tabacchi, la "Fabbrica Ducale dei Tabacchi di Parma", una delle più importanti del Nord Italia, che iniziò l'attività nel 1805.

Lo stabilimento fu chiuso nel 1891 e a partire dal 1900 l'antico monastero venne trasformato in un Riformatorio, l'unico in Emilia-Romagna. I giovani ospiti della struttura erano piccoli delinquenti o ragazzi con situazioni familiari complicate, che venivano educati alle professioni per essere reinseriti nella società.

Dal dicembre del 1975 ad oggi all'interno della Certosa, nella cosiddetta "Scuola di Dio", ha sede la Scuola di Formazione e Aggiornamento della Polizia Penitenziaria.

Il complesso attuale comprende, oltre alla sede della polizia penitenziaria, la chiesa dedicata a San Girolamo, una sagrestia e un chiostro maggiore (entrambi del XVI secolo), un chiostro minore (del XV secolo). Ospita opere di Francesco Pescaroli, Alessandro Baratta, Gian Battista Natali e Ilario Spolverini.