L'edificio attuale, che data tra il XII e il XIII secolo e probabilmente verso l'ultimo trentennio del millecento, fu costruito, per volontà dell'arcivescovo Rainaldo, sulle rovine del duomo bizantino distrutto da Guglielmo I detto il Malo (1156), del quale è possibile ancora oggi osservare a destra del transetto parte del pavimento originario che si estende sotto la navata centrale.

Internamente la chiesa, che è stata spogliata di tutte le strutture barocche, si presenta nella sua nuda solennità, con tre navate separate da due file di otto colonne slanciate, provenienti probabilmente dall'edificio bizantino. Sopra gli archi, a doppio profilo, si aprono finti matronei con ampie trifore racchiuse in grandi archi di scarico. I capitelli in stucco e il soffitto a travature scoperte sono rifatti secondo il modello dell'unico capitello originario. Nel pavimento della navata centrale, resti di marmi policromi (secolo XIV), con una rosa riproducente il disegno di quella della facciata.

La Cattedrale insiste su un succorpo costituito dalle persistenze archeologiche dell'antico Duomo bizantino e delle strade e degli edifici a esso prossimi. Alcuni di questi ambienti si sono preservati nel corso dei secoli poiché in età moderna sono stati utilizzati come fosse e ossari comunicanti con gli altari privilegiati del tempio soprastante. In epoca recente sono stati effettuati rilievi archeologici in seguito ai quali l'area del succorpo è stata musealizzata, ed è oggi visitabile.