L'ingresso alle catacombe è collocato attualmente nei pressi della chiesa dell'Incoronata a Capodimonte ed è dotato di una scala che conduce direttamente al livello del secondo piano; qui è visibile il più antico ritratto conosciuto di san Gennaro, risalente al V secolo, che raffigura il martire tra una bambina ed una donna e con il capo sormontato dalla scritta Sancto Martyri Januario.

Nel successivo ambulacro sono posti due affreschi che raffigurano la defunta Bitalia orante e, sulla parete finale, la defunta Cerula con i Ss. Pietro e Paolo, tutti di VI secolo. Al V secolo sono databili gli altri due affreschi posti in uno dei cubicoli, San Paolo e il defunto Lorenzo e San Pietro con una figura reggente una corona.

Attraversando un passaggio a tre archi, si giunge nella grande basilica ipogea, scolpita nel tufo (molto peculiare se non unica nell'architettura catacombale), superata la quale si passa nel secondo cubicolo a sinistra di un nuovo passaggio a tre archi che è affrescato con motivi topici: i defunti (gli uccelli) e la resurrezione (la croce monogrammatica).

Al piano inferiore si può entrare nella basilica ipogea di sant'Agrippino, con un altare dietro il quale erano stipate, in un'urna, le reliquie del santo ed era posta la cattedra episcopale, mentre alle pareti sono presenti dipinti del IX secolo.

L'ambiente forse più interessante di tutto il complesso catacombale è il vestibolo della catacomba inferiore, ottenuto dall'ampliamento dell' originario ipogeo gentilizio e di cui restano quattro interi sarcofagi scavati nel tufo; il soffitto è decorato con pitture che richiamano lo stile pompeiano del II secolo mentre al centro dell'ambiente vi è il battistero del 762.

Nell'ambulacro massimo vi è uno dei cubicoli meglio conservati delle catacombe originariamente per intero ricoperto da dipinti di cui restano una figura (forse Mosè o Cristo o san Pietro) ed un medaglione con tralci di vite.