Il nome, come per la maggior parte delle catacombe romane, trae origine dalla fondatrice o dalla donatrice del terreno su cui sorse il complesso cimiteriale ipogeo, il quale era conosciuto anche col nome dei due principali martiri ivi sepolti, Felice e Adautto.

Il cimitero sotterraneo si sviluppa su tre livelli. Il livello più antico e più interessante dal punto di vista archeologico è quello mediano, ricavato in un'antica cava di pozzolana, riutilizzata a scopi funerari: è in questo livello che si trovano le sepolture dei martiri, in una piccola basilica ipogea, ed è da questo livello che si è sviluppato il resto delle catacombe.

Una particolarità delle catacombe di Commodilla, che le distingue dalle altre catacombe romane, è la presenza di sepolture dette a pozzo: si tratta di fosse profonde, ove si contano fino a 20 loculi disposti nelle pareti e sovrapposti l'uno all'altro. Una simile disposizione è riscontrabile solo nelle vicine catacombe di santa Tecla. Inoltre, rispetto ad altri cimiteri ipogei, Commodilla si caratterizza per una estrema povertà architettonica, epigrafica e iconografica: sono rari, per esempio, cubicoli ed arcosoli, e spesso le iscrizioni marmoree contengono errori di ortografia.

Di una certa rilevanza artistica, è la piccola basilica sotterranea dedica ai santi Felice e Adautto; essa fu ricavata, durante il pontificato di Giovanni I (523-526), adattando parte dell'antica cava di pozzolana (al secondo livello), che fu chiusa ed allargata per le esigenze di culto. In questa basilica ipogea gli archeologici hanno identificato il luogo di sepoltura dei due santi in due loculi sovrapposti, che sottostanno ad un affresco che li raffigura.