Si hanno poche notizie sulla storia della cappella. La sua posizione ai confini del borgo, addossata al muro perimetrale del cimitero, potrebbe far ipotizzare un suo utilizzo come riparo per i pellegrini diretti verso la via Francigena oppure come lazzaretto. Solo nel 1689 si ha la prima testimonianza documentaria sulla cappella, il recente ritrovamento degli affreschi quattro-cinquecenteschi posti nell’area presbiteriale rende San Sebastiano l’edificio religioso esistente più antico di Giaveno e permette di datare la costruzione della cappella tra il XV e il XVI secolo. L’occasione della scoperta del ciclo si deve alla volontà della comunità locale di far restaurare la pala d’altare settecentesca. Rimossa la tela è fortunosamente emersa la Madonna col Bambino, risparmiata alle imbiancature seicentesche. Successivi interventi di restauro nel 2007 hanno recuperato gli affreschi sulla parete di fondo.