La decorazione della cappella fu commissionata da Filippo Strozzi il vecchio nel 1486, vent'anni dopo il suo rientro dall'esilio a Napoli, quando stava iniziando un vasto programma di riabilitazione del suo nome e della sua famiglia che si esplicò anche nella costruzione del celeberrimo palazzo Strozzi. Quell'anno il banchiere acquistò il giuspatronato dai Boni della cappella già dedicata a san Giovanni Evangelista. In data 21 aprile 1487 veniva stipulato il contratto con il pittore Filippino Lippi, uno degli artisti più all'avanguardia nella scena fiorentina dell'epoca, il quale avviò, per un compenso pattuito di 350 fiorini d'oro, il programma pittorico negli anni immediatamente successivi, entro il 1488. Il committente morì già nel 1491, senza protestare per la dilazione dei lavori che sarebbero dovuti essere conclusi da contratto entro il 1490. Tanto meno lo fecero gli eredi, che lasciarono lavorare l'artista senza problemi di tempo, venendo conclusa solo nel 1502, a quindici anni dalla stesura del contratto. La maggior parte dei pagamenti all'artista avvenne infatti nel 1494-1498, ad opera di Alfonso Strozzi, figlio di Filippo. Alfonso fu uno dei più attivi oppositori di Savonarola; il frate nelle sue prediche attaccò coloro che si facevano allestire monumenti funebri particolarmente sontuosi e la cappella Strozzi fu in quel senso uno dei più vistosi del momento.

La presenza di fastose architetture "archeologiche" fa pensare all'influenza ricevuta dai monumenti romani durante il suo soggiorno nella città eterna. Lo stile segna la maturità dell'artista e il definitivo distacco dai modi di Sandro Botticelli: per la sfarzosità, i capricci e l'attenzione ai dettagli, questi affreschi vengono indicati come una delle più antiche testimonianze della maturazione di un gusto manierista a Firenze. Le vetrate, disegnate dallo stesso Filippino, vennero installate solo dopo la morte del committente, fra il giugno e il luglio 1503.

Il tema del ciclo è la rappresentazione di Storie delle vite dei santi Filippo e Giovanni Evangelista: il primo è legato al nome del committente, il secondo è il patrono della cappella. Le due pareti mostrano, su esplicita richiesta del committente già dal contratto, un miracolo di resurrezione in basso e una scena di martirio in alto.

Dietro l'altare è presente la tomba di Filippo Strozzi, scolpita da Benedetto da Maiano (1491-1495).