Il battistero di San Giovanni è un edificio a pianta dodecagonale con quattro camere sugli assi principali, che costituiscono i bracci di una croce greca, e quattro corridoi ad essa alternati, che affacciano tutti sul vano centrale rispettivamente con una e due porte. Al centro dell'edificio i resti di una vasca battesimale eptagonale. L'area della vasca era coperta da una cupola.
Il battistero di San Giovanni era un edificio di grande pregio, non solo per le notevoli dimensioni e l'articolazione degli spazi ma anche perché dotato di un vasto apparato decorativo, di cui sono state ritrovate poche ma significative tracce: nella vasca tessere vitree ricoperte da una lamina d'oro e lacerti del mosaico pavimentale, decorati da stelle a quattro punte, i cui bracci sono resi da losanghe, alternati a rettangoli.
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