All'ingresso della chiesa, nel primo braccio, si trovano due affreschi staccati. A sinistra è il sant'Agostino, che il Pordenone dipinse nel 1529-30, rappresentato all'interno di un'armoniosa architettura classica, con un'edicola dorata che gli fa da sfondo rendendo monumentale la figura del santo teologo. Lo stato di conservazione piuttosto cattivo dell'affresco non ci permette più di apprezzare la cura con cui il Pordenone aveva reso i particolari, quali i sontuosi paramenti di Agostino. Sulla parete opposta Bernardino Gatti dipinse il grande affresco San Giorgio che uccide il drago. L'opera è considerata fra le più riuscite dell'artista, che rappresenta con grande potenza drammatica il soldato sul cavallo impennato a spada sguainata mentre assesta il colpo di grazia al mostro già ferito. Il costume è quello da soldato romano, mentre il mantello agitato dal vento contribuisce al dinamismo della scena.

I due importanti cicli di affreschi del Pordenone ricoprono le pareti delle due piccole cappelle di sinistra, la Cappella dei Re Magi e la Cappella di Santa Caterina. Nella prima, vi è sulla destra la Natività di Maria, dove indaffarate cameriere occupano gran parte del movimentato affresco, assistendo sant'Anna e lavando in primo piano la piccola neonata. Al di sopra, nelle lunette sono rappresentati i Pastori al presepio, e la Fuga in Egitto. La scena di maggior pregio e anche meglio conservata è l’Adorazione dei Magi, che si distingue per l'affollato corteo che si allunga all'orizzonte, osservato dai popolani affacciati ai balconi delle proprie case. Il personaggio sulla estrema sinistra, con in mano un boccale, si distingue per la forte caratterizzazione del volto che fa pensare ad un ritratto, forse del committente della decorazione, il patrizio piacentino Pietro Antonio Rollieri il cui stemma è raffigurato sulla parasta che incornicia l'adorazione. Salendo con lo sguardo si notano quattro Profeti che si affacciano illusionisticamente da quattro oculi, introducendo alla cupola dove l'Assunzione di Maria è affiancata da rappresentazioni di santi e angeli musici.

Ancor più riuscita è la decorazione della successiva Cappella di Santa Caterina, dove campeggia la pala d'altare con le Nozze mistiche di Santa Caterina con Pietro e Paolo. A fronte, la Disputa di Santa Caterina coi filosofi pagani. È tuttavia sulle paraste dai colori squillanti che si dispiega la fantasia compositiva del pittore che mescola con grande verve putti, armi, strumenti musicali e animali fantastici.

Di particolare pregio il grande organo costruito in due riprese (1825, 1838) dai celebri fabbricatori Serassi di Bergamo, strumento che assume una valenza storica particolare in quanto fu progettato e poi regolarmente suonato dal celebre organista e compositore Padre Davide da Bergamo (1791-1863).