La basilica di Santa Maria degli Angeli fu costruita su progetto di Galeazzo Alessi e con interventi di Jacopo Barozzi da Vignola a partire dalla seconda metà del Cinquecento. In cima alla facciata del tempio spicca la statua della Madonna in bronzo dorato. Ha la dignità di Basilica papale. Al suo interno è presente la Porziuncola, la cappella dove si raccoglieva in preghiera Francesco d'Assisi, e per questo centro della spiritualità francescana.

Sempre all'interno della Basilica si trova la cappella del Transito. In origine era l'infermeria del convento originario, la sua fama è data dal fatto che qui san Francesco morì il 3 ottobre 1226 e finì di comporre il Cantico delle creature. Per celebrare tali eventi, nel 1886, Domenico Bruschi effettuò degli affreschi raffiguranti la morte di san Francesco e i suoi funerali. Vi sono, inoltre, ulteriori affreschi raffiguranti santi e beati francescani, eseguiti da un allievo del Perugino: Giovanni di Pietro, detto Spagna. In una teca è custodito un dono fatto da papa Pio IX alla confraternita: il cingolo di san Francesco.