È una delle più importanti opere barocche della provincia di Varese. Realizzata su disegno di Francesco Maria Richini, la prima pietra della nuova basilica venne posata il 26 maggio 1609, ma la prima funzione si celebrò solo nel 1614, a lavori ancora non ultimati, in occasione della festa patronale. All'epoca erano state realizzate solo l'abside e il transetto con le relative cappelle: non erano ancora presenti le tre navate. I lavori proseguirono e la cupola venne ultimata nel 1635, dopo 26 anni dall'inizio dei lavori.

L'imponente facciata è costituita da un ordine inferiore di lesene binate ioniche, un protiro con frontone arcuato, porte di rame e bronzo con bassorilievi raffiguranti la vita di San Giovanni Battista (opera di Enrico Astorri del 1908), statue di Sant'Ambrogio, San Carlo Borromeo, Fede e Carità e altre innumerevoli opere risalenti a varie epoche. Tuttavia la facciata risultava ancora incompleta: la parte superiore venne completata fra il 1699 e il 1701 da Domenico Valmagini, il quale vi inserì un grande finestrone ovale, un frontone spezzato a doppia curvatura, le statue di San Pietro, San Paolo e di quattro profeti (tutte opere di Giovanni Pozzi), e la statua centrale di San Giovanni Battista (di Siro Zanelli), che rappresenta il punto più alto della facciata.

All'interno la chiesa è coperta con volte a botte e a vela, le tre navate sono separate da file di piloni ionici e da colonne. Sotto gli archi sono appese grandi tele raffiguranti la vita di san Giovanni Battista, dipinte tra la fine del Seicento e i primi del Settecento da autori ignoti, con l'eccezione di Gesù con i discepoli del Battista e di Erodiade e Salomè con la testa del Battista, attribuite a Carlo Preda. Il transetto sinistro ospita, invece, due affreschi del XVII secolo (Riposo durante la fuga in Egitto e Natività), attribuiti ad Antonio Crespi Castoldi.

La basilica di San Giovanni Battista ha in tutto sei cappelle laterali con opere di: Gaudenzio Ferrari, Biagio Bellotti, Francesco Maria Bianchi, Daniele Crespi, Giovan Francesco Lampugnani.

All'esterno della chiesa, sul fianco destro, si trova il "mortorio", un tempietto di autore ignoto, realizzato tra il 6 settembre 1689 e il 2 novembre 1692, che doveva ricordare ai passanti il mistero della morte, mediante esposizione dei teschi, ancor oggi visibili da via Milano. Al suo interno vi sono dipinti con angeli e simbolismi sulla Passione. Erano anche visibili dei dipinti all'esterno, opere dei fratelli Ambrogio Gelli, Francesco e Biagio Bellotti (quest'ultimo nonno dell'omonimo pittore bustocco), raffiguranti le età dell'uomo, i vari aspetti della morte, virtù, purgatorio e angeli piangenti, asportati nel 1975 e trasferiti all'interno della chiesa di San Gregorio Magno in Camposanto.