La costruzione della chiesa risale al 1540 e fu voluta dal viceré spagnolo don Pedro de Toledo per associarla ad un ospedale destinato alla cura dei poveri già presente per la volontà di alcuni nobili spagnoli e dedicato a san Giacomo il Maggiore; l'opera fu commissionata all'architetto Ferdinando Manlio (già artefice del palazzo vicereale e della ristrutturazione di Castel Capuano).

L'edificio subì una notevole trasformazione a partire dal 1741 con una serie di restauri e con l'abbattimento dell'ospedale che dovette far posto al palazzo dei Ministeri del governo borbonico, oggi palazzo San Giacomo, sede del comune.

La chiesa conserva la linea e l'impianto originari cinquecenteschi, eccetto per la facciata che è stata trasformata in seguito agli interventi successivi. La basilica possiede un consistente numero di monumentali sepolcri.

Il più rilevante è senza dubbio il sepolcro di Don Pedro de Toledo, è visibile in un ambiente dell'abside posto alle spalle dell'altare maggiore accessibile attraverso una porta situata sul lato sinistro del presbiterio. Il monumento sepolcrale fu scolpito nel 1570 da Giovanni da Nola, su volontà dello stesso viceré di Napoli, che però morì prima della conclusione dei lavori del sarcofago, dovendo così essere sepolto all'interno del duomo di Firenze.

Altri importanti monumenti funebri sono collocati ai lati dell'ingresso della basilica, nelle cui pareti laterali della scalinata d'accesso sono presenti due opere di scultura di Francesco Cassano. Mentre di Michelangelo Naccherino sono il sepolcro di Ferdinando Maiorca e quello della consorte Porzia Coniglia, entrambi collocati ai lati dell'abside.