La data di fondazione non è certa, e si colloca tra il III e il IV secolo: nel 1216 papa Onorio III ordinò la ricostruzione del complesso; al restauro del 1582 seguì il rifacimento degli anni 1750, opera di Tommaso De Marchis, e quella del 1852-1860 del Somaschi. La chiesa moderna conserva elementi di tutte queste epoche. Il campanile è romanico, alcune colonne della chiesa onoriana sono presenti nell'abside orientale della chiesa moderna, il portico è medioevale; la facciata cinquecentesca, rielaborata dal De Marchis, insiste sul portico medioevale; del De Marchis è l'altare maggiore.

Il lato meridionale della chiesa ospita il monumento funerario di Eleonora Boncompagni Borghese, del 1693, mentre il transetto meridionale contiene la cappella di Carlo IV di Spagna. Degna di nota, l'icona Madonna dell'Intercessione (Madonna di Sant'Alessio, Madonna dell'Intercessione), datata tra il XII-XIII secolo e ritenuta portata da sant'Alessio dall'oriente. Sotto la chiesa è una cripta romanica; l'altare maggiore della cripta contiene le reliquie di Tommaso Becket. Le pareti ospitano un affresco del XII secolo dell'Agnus Dei e dei simboli degli evangelisti, mentre la parete settentrionale è decorata dal San Girolamo Emiliani introduce gli orfani alla Vergine di Jean-François de Troy, e al termine della navata c'è La Scala Santa e la chiesa titolare di sant'Alessio, in legno e stucco, di Andrea Bergondi.