Dell’edificio più antico nell’area di scavo è stato individuato soltanto il settore angolare Sud-Ovest che, con il considerevole spessore, esercitava anche il ruolo di poderosa sostruzione per il digradare accentuato del terreno verso il Tevere. I caratteri della muratura in mattoni e i materiali presenti negli strati archeologici correlati ne assicurano una cronologia tra la fine del V e gli inizi del VI secolo e inducono a riconoscere nella struttura una delle costruzioni fatte erigere da papa Simmaco (498-514) presso San Paolo, più probabilmente un resto delle “case per i poveri” (pauperibus habitacula) ricordate nella biografia del Liber pontificalis e che lo stesso papa aveva predisposto anche nei santuari di San Pietro e San Lorenzo.

L’area archeologica contiene parzialmente una più lunga costruzione porticata, di cui è garantita la prosecuzione a Sud e a Nord, fino all’originario atrio della basilica, nel punto in cui alcune vedute moderne visualizzano un passaggio tamponato. Nella struttura si distinguono con chiarezza due fasi edilizie: la seconda, forse in seguito al crollo di una parte del tetto, conservando il muro di fondo già esistente, vide il leggero rialzamento (ca. 30cm) del piano di appoggio delle colonne (stilobate).