Testimonianze del cimitero che si sviluppò in adiacenza alla basilica si trovano nella zona esterna all'abside romanica, ben visibile anche dal retrostante largo Francesco Richini e prospiciente il lato occidentale della quattrocentesca Ca' Granda, che sorge non lontano. La basilica sorgeva in una zona funeraria romana, ma attrasse numerose sepolture, sia all'interno sia all'esterno della chiesa, nella speranza che le reliquie degli apostoli e del martire Nazaro potessero intercedere "per contatto" per le anime dei defunti. Esternamente sono anche visibili i resti del muro del braccio orientale della basilica paleocristiana: si riconosce dall'accostamento opus spicatum dei mattoni.

Il lapidarium occupa il locale dell'antica sagrestia romanica. Sono esposti numerosi frammenti di epigrafi funerarie paleocristiane databili tra il IV e il VI secolo. In una vetrina sono presentati i reperti dalla tomba di Arderico, che fu vescovo di Milano dal 936 al 948: oltre a un anello d'oro e uno d'argento e al puntale di bastone pastorale, è visibile un piccolo crocifisso che è una rara testimonianza dell'artigiano altomedioevale. Nel lapidarium è esposta una parete della "Tomba del Pavone", dipinta tra il VII e l'VIII secolo. Fu scoperta nel 1948 a destra dell'altare moderno e non è accessibile al pubblico.

Nei sotterranei si trovano anche resti di ambienti di servizio risalenti al V-VI secolo e rinvenimenti d'epoca romana antecedenti alla realizzazione della basilica. Sono anche presenti i resti delle fondazioni di una delle absidi del transetto orientale della basilica paleocristiana. Nei sotterranei sono anche state trovate raffigurazioni ad affresco dell'iconografia cristiana, come la morte e la risurrezione di Gesù, rese, rispettivamente, con una croce e un kantharos, che risalgono al VII-VIII secolo.

Dal 2012 è possibile vedere diverse murature originarie dell'epoca di Ambrogio alte anche 13 metri sulla cui base è stato possibile ricostruire la pianta cruciforme della basilica paleocristiana, che era provvista di bracci rettilinei terminanti con esedre semicircolari. Nei diversi vani sono esposti anche are votive, cippi funerari, anfore e laterizi romani ritrovati durante gli scavi. È interessante notare che alcuni sarcofagi romani in serizzo furono svuotati e reimpiegati nelle murature della basilica. Sono anche presenti i resti della cappella di san Lino, realizzata dopo l'epoca paleocristiana, in pieno Medioevo, sui resti della sagrestia paleocristiana del IV-V secolo.