Il nucleo originario dell’istituto fu costituito dall’archivio preunitario del Comune di Prato e dal patrimonio documentario della Casa pia dei Ceppi. Con il primo confluirono anche gli archivi delle arti, delle opere pie, di famiglie e di magistrature giudiziarie (podesteria, pretura, vicariato). Il secondo portò in dote oltre al proprio archivio quelli dei due importanti enti di beneficenza da cui aveva tratto origine nel 1545: il Ceppo Vecchio, istituito nel 1282 da Monte Pugliesi, e il Ceppo Nuovo, fondato dal testamento di Francesco di Marco Datini nel 1410. Di valore assoluto, pervenuto sempre attraverso la Casa pia dei Ceppi, è l’archivio di Marco Datini, fonte unica per lo studio non solo del mondo mercantile europeo della seconda metà del Trecento, ma anche della società e della mentalità dell’epoca. Nel fondo del Comune, si segnalano, in copia dai documenti dell’autorità ecclesiastica, le registrazioni delle nascite di cittadini pratesi dal 1482 (le morti dal 1557) che, circostanza pressoché unica, insieme allo stato civile napoleonico, a quello della Restaurazione e a quello postunitario proveniente dal Tribunale di Firenze, coprono un periodo di quasi cinque secoli.
Depositi di rilievo sono stati quelli degli archivi degli ospedali della Misericordia e del Dolce e dei fondi pervenuti tramite il Comune di Prato: quelli di famiglia, Buonamici, Novellucci, Vai, Martini, Mazzoni, Salvi Cristiani, quello del Teatro Metastasio e le carte di Piero Cironi.
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