Come testimonia una bolla di papa Alessandro II del 1062, l'abbazia di Sant'Eustachio fu fondata da Rambaldo III di Collalto e dalla madre Gisla attorno al 1050 su di una preesistente opera fortificata. I Collalto, famiglia di stirpe longobarda, avevano da poco perso la propria influenza su Treviso a favore del vescovo locale, il cui potere si espandeva di anno in anno sia dal punto di vista religioso che temporale. Così facendo, quindi, essi contrapponevano a questa autorità un'istituzione indipendente e direttamente sottoposta al pontefice, il quale pure non vedeva di buon occhio l'espansione dei vescovi trevigiani, sostenitori dell'imperatore.

Tra il Cinquecento e il Seicento l'abbazia divenne un importante polo culturale. Qui vennero ospitati, tra gli altri, Pietro Aretino, Giovanni Della Casa (che vi compose il noto Galateo) e Gaspara Stampa.