Sarebbe stata fondata, secondo la tradizione, nel 1008, da san Romualdo che vi realizzò un semplice eremo. A fianco della chiesa è situato il campanile a pianta ottagonale che, anticamente, aveva la funzione di torre di difesa. L'orologio del campanile fu restaurato nel 1992.

La chiesa superiore, consacrata nel 1105 da San Giovanni da Lodi, vescovo di Gubbio, è a tre navate e contiene affreschi trecenteschi di scuola umbra e un coro ligneo di buona fattura. È dedicata a Santa Sofia. Nel 1959, dopo i lavori di ripristino, vi fu ricollocato l'antico ciborio (VIII secolo) con quattro colonne in pietra e quattro frontoni su cui poggiano tre lastre scolpite con motivi vegetali ed una con la raffigurazione di due pavoni.

L'antica cripta (denominata Madonna delle Grazie) è composta da un locale a cinque navate, terminante con tre absidi. È praticamente una chiesa seminterrata in cui gli spazi sono scanditi da colonne romane ed altomedievali, una diversa dall'altra, sorreggenti volte a crociera. I muri perimetrali sono solcati da archi ciechi, con archi più piccoli all'interno.

Ad oggi è sede, in una parte dell'antica Abbazia, di un'importante azienda agricola del gruppo UnipolSai. Con l'unità d'Italia e l'esproprio in Umbria dei beni ecclesiastici, passò sotto la proprietà della famiglia Marignoli, poi nel 1936 ne fu proprietario il tenore Beniamino Gigli. Dopo la seconda guerra mondiale furono proprietari della tenuta le famiglie Agnelli e Ligresti.