Le Catacombe di San Giovanni sono famose, secondo la tradizione, per aver ospitato nell'adiacente Cripta di San Marziano, primo vescovo di Siracusa, l'apostolo Paolo, il quale avrebbe predicato ai primi cristiani d'occidente. Marziano o Marciano nel 39 fu mandato da San Pietro da Antiochia a Siracusa per predicarvi il vangelo. Esse furono costruite tra il 315 e il 360 d.C. successivamente manomesse per la ricerca di corpi di Santi e tesori.

Il complesso sono le uniche aperte al pubblico ed esplorate totalmente. Sono situate nel zona di Akradina, nei pressi del sepolcro di S. Marziano. La galleria principale, detta decumanus maximus, è ricavata da un antico acquedotto greco,le cui tracce sono visibili sulla volta. Inoltre dalla galleria si può accedere alle cinque tombe dei santi o dei martiri, zone più grandi, di forma circolare o quadrata, chiamate di Eusebio, di Adelfia, di Antiochia, delle Sette Vergini e Anonima.

Sito senza barriere architettoniche ad eccezione della cripta per la presenza di scalini.