Si entra al "Santuario-Casa di Santa Caterina" attraverso il Portico dei Comuni. Questo luogo si chiama così perché ogni comune d'Italia contribuì alla sua costruzione con la cifra simbolica, corrispondente al costo un mattone. Il Portico dei comuni fu iniziato a costruire nel 1941, dopo la demolizione della chiesa di Sant'Antonio abate che qui sorgeva. Di antico è rimasto solo il pozzo in travertino situato a destra e risalente alla fine del Quattrocento o inizio Cinquecento. Da qui si accede ad un piccolo atrio a loggia attribuito a Baldassarre Peruzzi o ad un suo allievo realizzato intorno al 1530.

Al Santuario troviamo l'oratorio del Crocifisso, dove è custodito il Crocifisso delle stimmate. Il crocifisso fu trasportato a Siena nel 1565 dopo varie peripezie e fu posto nell'oratorio della cucina dove rimase fino al 1623 anno della costruzione della chiesa dove poi fu posto. Il crocifisso delle stimmate è di scuola pisana, del XII secolo.

A sinistra troviamo l'oratorio della cucina o cucinone; questo luogo fu la prima sala di riunione dei "caterinati" i figli spirituali di Santa Caterina. Qui era situata la cucina della famiglia Benincasa, la famiglia di Caterina e qui c'era anche il focolare, dove oggi sorge l'altare. Sopra il focolare è situato un quadro, raffigurante le stimmate di Caterina, opera del pittore Bernardino Fungai; il dipinto risale al 1496.

Il soffitto a cassettoni dorato e dipinto fu eseguito a intagli da Bastiano di Girolamo. Sulla parete di fondo, entro la grande nicchia, Francesco Vanni, nel 1600, dipinse ad olio "La Canonizzazione di S.Caterina". Alle pareti sono raffigurati gli episodi più importanti della vita di Santa Caterina; queste pitture portano le firme di pittori come Alessandro Casolani, Pietro Sorri, Francesco Vanni.