Il museo del Nicchio si trova dietro all'oratorio della contrada, in Via dei Pispini, ai civici 68 e 70. Si iniziò a parlare di "stanze della contrada" nel 1914, quando i nicchiaioli si riunirono per discutere della questione. Tuttavia la guerra bloccò tutto il progetto e per riparlarne si dovette aspettare il 1926, quando la contrada acquistò i locali dietro la chiesa. Per motivi economici le stanze furono aperte al pubblico solo per la festa del patrono del 1938. Il museo, però, era più simile ad un magazzino e, quindi, si provvide nel 1952 a migliorare l'esposizione di tutti gli oggetti. Infine, nel 1988, le "stanze" si trasformarono in un vero "museo", con l'ultima ristrutturazione. La sede museale è composta da due piani: quello inferiore è usato come sala delle vittorie, contenente i drappelloni ed i masgalani vinti, mentre quello superiore ospita le vecchie monture e gli antichi arredi sacri della chiesa.

Tra le opere: le argenterie di scuola senese e toscana (XV-XIX secolo), paramenti sacri del XVII e XVIII secolo, reperti ceramici (XV secolo), una Madonna col Bambino di Benedetto da Maiano (XV secolo), una terracotta policroma raffigurante San Sebastiano di Giovanni di Stefano (1443-1504) e una tela di Francesco Rustichi (1592-1626).