Il Museo dell'Acqua occupa i tre piani, due di origine settecentesca ed il terzo ottocentesca, dell'edificio che sta sopra la Fonte di Pescaia. Grazie ad un ricchissimo percorso multimediale ed audiovisivo, consente ai visitatori di conoscere ed apprezzare una delle realizzazioni più straordinarie della storia di Siena, città nata e sviluppata lontana dai fiumi: il sistema dei bottini, delle fonti e dei manufatti che portavano l’acqua in città.
Il visitatore viene immerso nel racconto dei Bottini (veri e propri acquedotti sotterranei, cunicoli scavati nell'arenaria, in parte anche murati, che dopo aver raccolto le acque delle sorgenti e le infiltrazioni delle acque piovane, le portavano fino alle abitazioni della città) e delle fonti attraverso filmati, narrazioni e oggetti che rendono particolarmente coinvolgente e piacevole la visita. Nella documentazione audio sono anche incluse le testimonianze degli anziani della Città che ci aiutano a capire quanta parte della storia, della struttura della città e della memoria dei senesi siano legate a questo complesso e affascinante sistema dell'acqua che si nasconde sottoterra.
Il percorso comprende 10 installazioni multimediali con 12 proiettori video, 11 sistemi di messa in onda, 10 impianti audio, 8 impianti sensistica e 4 monitor.