La basilica di San Francesco è tra le più importanti chiese di Siena, situata in piazza San Francesco. Eretta nel XIII secolo in stile romanico fu ingrandita nei due secoli successivi nell'immensa struttura gotica attuale. Conserva al suo interno la pisside con le Sacre Particole.

I maggiori tesori della chiesa si trovano proprio nelle otto cappelle del transetto ai lati della Cappella Maggiore.

Partendo dalla prima cappella che si trova vicino alla parete di fondo a sinistra, è da segnalare un affresco staccato dal chiostro del convento, dipinto da Jacopo di Mino del Pellicciaio prima del 1396 e raffigurante la Maestà. Nella seconda cappella si trovano due affreschi di Ambrogio Lorenzetti staccati dalla Sala Capitolare del convento e risalenti al 1335-1340. Raffigurano storie di frati francescani e precisamente il Martirio di cinque frati francescani (a sinistra) e San Ludovico di Tolosa si congeda da papa Bonifacio VIII (a destra). Nella quarta cappella c'è invece un'opera di Ambrogio, Pietro Lorenzetti, un altro affresco staccato dalla Sala Capitolare e raffigurante la Crocifissione (1336-1337 circa).

Nella quinta cappella, la prima dopo la cappella maggiore centrale, una Madonna col Bambino di Andrea Vanni (1398) risulta annerita, nonostante i recenti restauri, a causa dell'incendio del 1655. Questo dipinto e il crocifisso ligneo della navata sono le uniche opere “infiammabili” che si trovavano nella chiesa prima dell'incendio e a questo sopravvissute. La sesta cappella reca sulla parete destra il monumento funebre in marmo al cavaliere Cristoforo Felici, realizzato da Urbano da Cortona nel 1463. Nella cappella successiva da ammirare, sulla parete destra, un bassorilievo in marmo del 1340 circa di Giovanni d'Agostino, l'artista che copriva la carica di capomastro dell'Opera del Duomo in quegli anni. Rappresenta l'Assunzione di Maria. Nella stessa cappella, il polittico moderno neogotico al centro è degno di nota per essere una delle poche opere raffigurante san Massimiliano Maria Kolbe, il padre francescano deportato ad Auschwitz che volle sostituirsi volontariamente ad un condannato a morte. La figura di Kolbe si trova a destra nel polittico ed è un'aggiunta di Aldo Marzi (1973) ad un polittico precedente di Pietro de Pezzatis (1898) con la Madonna e san Francesco.

Il transetto contiene altre quattro cappelle sul lato opposto rispetto a quelle già descritte. Di queste la seconda e la quarta, numerate a partire dalla parete sinistra di fondo, preservano le Sacre Particole profanate nel 1730 e rimaste da allora miracolosamente incorrotte. Le particole vengono collocate nella seconda e quarta cappella in estate ed inverno, rispettivamente. La seconda cappella “estiva” fu realizzata da Lorenzo di Mariano detto il Marrina nel 1504, ma fu rifatta interamente nel XIX secolo. Dell'apparato originario rimane però soltanto il pavimento a graffito con le quattro Virtù cardinali. La quarta cappella “invernale” è decorata sulla sinistra da un finto polittico ad affresco della seconda metà del Trecento di Lippo Vanni, raffigurante la Madonna col Bambino e santi, staccato dal convento.