Il Percorso espositivo si articola in più sale.

La prima è dedicata alla nascita dello Studium senese e vi sono esposti gli oggetti più antichi e preziosi per il loro valore documentario e simbolico, come il sigillo di bronzo del XIV secolo con l’immagine della patrona dell’Ateneo Santa Caterina d’Alessandria, e la ‘mazza del Bidello’ eseguita nel 1440 da un argentiere senese, anch’essa con l’immagine della Santa.

Nella Sala 2 sono esposte testimonianze riferibile al Seicento, come la Riforma del Generale Studio, emanata nel 1589 dal Granduca di Toscana Ferdinando I de’ Medici, e la prolusione letta nello stesso anno da Diomede Borghesi all’inizio delle lezioni di “Tosca Favella”, il primo corso di lingua italiana tenuto in Italia.

La Sala 3 è riservata alla consultazione dei documenti d’archivio.

Nella Sala 4, dedicata al Settecento, sono esposti i registri delle ‘Rassegne’, gli appelli di presenza a cui erano obbligati gli studenti nel Settecento, fra cui possiamo vedere anche il nome di “Pavolo di Aurelio Mascagni del Castelletto”, studente della Facoltà di Medicina nell’anno accademico 1772-1773, divenuto poi il’principe degli anatomisti’. Interessanti anche le ‘ghiandine’ usate per sorteggiare le domande degli esami e la clessidra per controllare il tempo della relativa risposta.

La Sala 5 ospita cimeli ottocenteschi, tra i quali spiccano quelli relativi alla battaglia di Curtatone e Montanara, che il 29 maggio 1848, nel corso della prima guerra d’Indipendenza, vide gli universitari di Siena e Pisa battersi insieme con l’esercito piemontese contro gli austriaci.

La Sala 6 è infine dedicata al Novecento e ai cambiamenti che, a partire dagli anni Sessanta, hanno portato alla nascita di nuove Facoltà e alla costruzione del policlinico universitario Santa Maria alle Scotte.