La costruzione del tempio di San Cono risale al XV secolo e fu eretto sulla stessa area ove sorgeva la chiesa di San Michele Arcangelo del XII secolo in cui Conone trascorse gli ultimi anni della vita. Consacrato il 3 giugno del 1511, esso subì numerose opere di abbellimento e restauro, soprattutto a causa dei terremoti che si sono susseguiti nella zona. L'ultimo restauro è stato terminato nel 2014 a seguito di una scossa di terremoto il 17 agosto 2013.
L'interno è ripartito in tre navate, quella centrale è sovrastata da lapidee arcate rotonde sorrette da dodici colonne in pietra cenerina, adornate da capitelli in stile dorico. Sull'altare è presente la statua lignea di San Cono Abate, commissionata dall'Arciprete Portale nel 1926: essa ritrae il Santo Patrono in atto supplice al momento della morte, con lo sguardo rivolto al cielo.
Parte dell'imponente Tempio di San Cono poggia su di un'altra chiesa preesistente. Essa, con pianta a croce latina, consta di quattro altari: uno di questi fu realizzato nella cappella che, protetta da 3 cortine di ferro con 7 chiavi, custodisce le Sacre Reliquie di San Cono Abate: la testa è racchiusa in una calotta d'argento, così come una mano e un braccio, mentre il resto del corpo è custodito in un'urna d'argento.
L'interno della cappella in stile barocco è riccamente decorata di marmi e adornato da dipinti raffiguranti i prodigi che costellarono la vita di Conone Navacita: San Cono che benedice Naso, il momento in cui estirpa il verme dall'orecchio del figlio del Governatore di Naso e San Cono in estasi al momento della morte. La particolarità di questa chiesa "sotterranea" risiede nel fatto che essa sorge, in parte, sul luogo esatto in cui si trovava la Grotta di San Michele: a ricordarne l'esatta ubicazione oggi vi è un altare, eretto grazie all'Arciprete Antonino Portale, che fu inaugurato il 28 marzo del 1930.
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