L'Orto Botanico di Messina costituisce oggi un piccolo arboreto in pieno centro abitato. Molti alberi si sono sviluppati notevolmente e l'esuberante vegetazione che ne risulta sembra contenuta per forza entro i limiti dell'Orto. Questa vegetazione quasi straripa dal muro di cinta proiettandosi ampiamente sulla piazza XX Settembre alla quale essa fa da magnifico sfondo. Il favore del clima e la presenza di molti alberi in poco spazio hanno portato a questo risultato.

Il patrimonio di specie che oggi possiede l'Orto Botanico "Pietro Castelli" comprende molte piante autoctone ed esotiche, in particolare di origine tropicale e subtropicale. Molte di esse furono introdotte sin dalla fondazione, altre in epoche successive. Da oltre un decennio l'Orto Botanico si occupa di conservazione della biodiversità, riproducendo e coltivando specie autoctone a rischio di estinzione. Il suo patrimonio si incrementa continuamente: sono presenti ricche collezioni di piante succulente, cycadaceae, piante carnivore e aromatiche.