La Cappella della Compagnia dei Bianchi dello Spirito Santo presenta una pianta ellittica con presbiterio absidato. La chiesa dell'ospedale, nota come Oratorio dei Bianchi presenta un'unica navata rettangolare con volta a botte lunettata e ribassata che ospita un pregevole altare ligneo. L'interno presenta un ricco apparato decorativo in stucco che culmina, nella calotta dell'abiside, con la figura di Dio Padre Benedicente.

All'interno della chiesa di trova la cripta dove venivano seppelliti i membri della Compagnia, e un vestibolo con statue di santi in stucco decorato. Fino al 2007 era presente un pregevolissimo pavimento maiolicato rappresentante il transito di San Giuseppe dell’artista Nicolò Sarzana che è stato trafugato durante i lavori di ristrutturazione.

All'interno dell'ospedale è inoltre custodito il prezioso archivio della Compagnia dei Bianchi, quasi completo e in eccellente stato di conservazione, nel quale sono contenuti tutti i documenti riguardanti la gestione della struttura fin dalla sua fondazione.