Grazie alle sue caratteristiche naturali, l’area di Pantalica, era considerata una fortezza naturale, quasi imprendibile, e per questo fu scelta come luogo di insediamento fin da tempi antichissimi (dal XIII secolo a.C.) dai Siculi. E’ situata su un altopiano, circondato da canyon, scavati dai fiumi, Anapo e Calcinara. L’area fu abitata fino al VIII secolo, quando gli insediamenti scomparvero, in contemporanea alla diffusione della presenza Micenea sull’isola, e l’inizio dell’epoca storica. Si tratta del nucleo più importante di insediamento preistorico della Sicilia orientale.

Le tombe più antiche risalgono XII-XI secolo a.C. sono situate nell’area nord ovest, mentre l’area più vasta e fitta è quella a Nord. Nell’area sud ovest detta necropoli di Filiporto vi sono circa un magliaio di tombe appartenenti all'ultima fase della città (IX-VIII secolo a.C.).

Contemporanea a questa vi è poi la necropoli della Cavetta del IX-VIII secolo a.C. con la presenza di abitazioni bizantine. Infine la necropoli di S. Maritino, comprende sia tombe a tholos preistoriche, sia catacombe Bizantine del IV-V secolo d.C. Qui troviamo anche l’Ipogeo di Dioniso, riconoscibile da un’incisione che rivela il nome dell’inquilino della tomba, Dioniso appunto. Poi vi è la Grotta di S. Anna in cui si ritrovano alcuni affreschi dove si possono riconoscere le figure di alcuni santi.