Il Museo riunisce reperti provenienti dal territorio degli Erei e soprattutto della riserva naturale. Il materiale naturalistico è costituito da rocce, minerali, fossili, campioni vegetali, funghi, collezioni entomologiche e Vertebrati tassidermizzati o conservati con altre tecniche. I reperti sono collocati in sale tematiche, esposti in vetrine o inseriti in diorami, ricostruzioni ambientale.

Sono rappresentate diverse specie nei rispettivi ambienti come il Coniglio e la Volpe in ambiente prativo, la Beccaccia nel sottobosco, l'Istrice all’interno di una tana, gli occhioni sul greto del fiume e i gruccioni in nidificazione su pareti argillose. Una sala è dedicata agli aspetti antropici della tradizione siciliana, ad usi eduli, farmaceutici e artigianali di alcune specie vegetali.