Il museo si articola in dieci sale, ognuna delle quali è intitolata ad un frate o a un personaggio legati alla storia del convento. Tra gli arredi sacri, sono presenti paramenti, tra cui molte pianete con o senza stola, nonché una ricca tipologia di vasi e oggetti sacri, che coprono un arco di tempo dal XVII al XIX secolo. Una vetrina della settima sala contiene una completa campionatura di suppellettili d'altare e un coordinato di paramenti: nell'ordine della vestizione questi sono costituiti da amitto, camice, cingolo, piviale e pianeta per il sacerdote o dalmatica per il diacono, stola e manipolo e, infine, in relazione all'azione sacra, il velo del calice. I paramenti sono realizzati in tessuti preziosi e ricamati, soprattutto con punto pittura e vari tipi di punti a rilievo, particolarmente raffinati e pregiati, adatti a rendere visibili, anche da una certa distanza, le decorazioni e a sottolineare la solennità dei paramenti stessi. I motivi raffigurano con segni e simboli, realtà trascendenti, evocando significati e figure propri delle verità di fede: accanto a motivi floreali più o meno stilizzati, troviamo stemmi francescani, la Madonna Assunta, la Madonna di Gibilmanna e tutta una vasta gamma di motivi attinti dalla vita dei campi ed assunti a simboli eucaristici. Tra le suppellettili dell'altare sono presentati nella vetrina il calice, la pisside, la patena (oggetti del sacrificio eucaristico), l'ostensorio, il crocifisso, i candelabri, il campanello, la navicella ed il turibolo, tutti di manifattura siciliana, realizzati in argento o in argento dorato, impreziositi da figure simboliche a sbalzo e a tutto tondo.
Il museo conserva inoltre diversi dipinti, alcuni dei quali raffigurano i personaggi che hanno fatto la storia di Gibilmanna o dell'ordine dei Cappuccini (tra cui un olio su tela del pittore Ludovico Suriek con La visione di fra' Felice da Cantalice che raffigura il primo santo dell'ordine), mentre in altri si trovano anche temi cari alla devozione dell'ordine stesso e cioè all'unione con Dio, alla Passione di Cristo e alla devozione della Vergine (alla Vergine che porge Gesù Bambino a santi appartenenti all'ordine, la Flagellazione).
Il museo custodisce anche preziosi lavori di legno intarsiato ed intagliato: dai candelieri settecenteschi ed ottocenteschi di fattura cappuccina, a due statue in legno policromo del Seicento, raffiguranti la Madonna e San Giuseppe, entrambi in adorazione, che facevano parte probabilmente di un presepe. Non mancano alcuni esemplari di opere in cera del tardo Settecento, una tecnica diffusa nella Val Demone. La sezione etno-antropologica raccoglie inoltre numerosi semplici oggetti d'uso comune, prodotti artigianali degli stessi frati che hanno vissuto di questua e in povertà secondo la regola cappuccina.
