Il Museo si estende su una superficie di 340 mq. Al suo interno sono presenti reperti provenienti da tutto il mondo, collezioni mineralogiche, paleontologiche, malacologiche, cui si aggiungono una stupenda collezione di ambre e una di organismi marini provenienti dai fondali dello Stretto di Messina. Inoltre vi è una sezione dedicata agli ecosistemi del fiume Alcantara, uno dei parchi più importanti dell'isola.