Inaugurato nel 2004 dopo una convenzione stipulata fra l'Amministrazione Comunale e il medico Paolo Badessa, è sito in una palazzina in stile liberty di via Rovere. All'interno vi sono collocati circa 200 reperti di alto valore scientifico, databili fra la fine del Settecento e il 1940, in alcune apposite teche. Nella collezione vi sono alcuni oggetti la cui rarità e legata soprattutto alla loro stessa fragilità o deperibilità dei materiali. Per esempio, l'estrattore di calcoli vescicali, in una sua importante parte è costituito da "crini di cavallo" molto appetiti dalle tarme. Per inciso, di tale strumento perfettamente conservato, ne esistono, di cui si sappia, solo due esemplari, uno al Museo del Royal College of Surgeons e l'altro qui a Villafranca. Un altro esempio di materiale deperibile sono i palloni respiratori delle maschere di Ombredanne, che sono ottenuti da vesciche di maiale essiccate. A proposito di tali apparecchi di Ombredanne si fa osservare una peculiarità: nel Museo di Villafranca vi sono quattro di tali apparecchi identici nella concezione tecnica ma diversi nelle fogge perché costruiti in nazioni diverse. È da notare che nei Musei più prestigiosi, hanno al massimo solo due di tali apparecchi. Un'altra cosa importante da ricordare è che qualunque strumento con manici di avorio, corno o ebano risalgono tutti a prima che nascesse l'idea della sterilità e della disinfezione, quindi nella seconda metà dell'Ottocento.