Il Museo è ubicato nell'edificio del vecchio baglio Anslemi, sul promontorio dove si trovava la cittadina punica di Lilibeo. Nel baglio Anslemi si produceva una volta il famoso Marsala. Il museo espone in una sala un'esemplare di una nave punica da guerra del III secolo a C, trovato nel 1971 davanti alla costa dell'isola Lunga. Particolare di questa nave sono i segni sui singoli pezzi lasciati dai costruttori per poter assemblare la nave in modo veloce ed efficiente. Il museo dispone anche di una collezione di reperti archeologici punici e romani pervenuti nel corso degli scavi a Marsala. Il museo non è molto grande comunque si raccomanda una visita, soprattutto agli amanti della navigazione antica.