Venne fondata dai Cavalieri Teutonici durante le crociate, anche se alcune fonti storiche precisano che fu Federico II a fondarla nel 1220. La chiesa di Santa Maria Alemanna rappresenta la più alta espressione dell'arte gotica nell'area del Mediterraneo, ed è in stile puro gotico, ha conservato intatta l'ossatura datagli e la si può ammirare secondo lo stile originario.

L'edificio è di impianto basilicale a tre navate separate da triplici fasci di pilastri con semicolonne addossate da cui si dipartono archi a sesto acuto slanciati in direzione trasversale e longitudinale che vanno a chiudersi sui semipilastri disposti lungo i muri perimetrali. Le volte sono a crociera costolonata su campate rettangolari e si concludono in tre absidi a emiciclo. La parete destra dell’abside, illuminata da un’apertura doppiamente strombata, accoglie una nicchia trilobata di modeste dimensioni.

Nel ripristinato portale principale si riconoscono alcuni conci in cui l’archivolto ad ogiva mostra una doppia ghiera recante al suo interno immagini di mostri e figure di simbolica ascendenza pagana che hanno indotto gli studiosi ad ipotizzare una origine “gentilesca” della chiesa. Il materiale prevalentemente utilizzato, oltre al marmo ed al calcare con venature grigio-verdi, è il gesso (nelle varianti selenitica ed alabastrina) dotato di particolare qualità rifrangente, tanto da generare i caratteristici effetti alabastrini.

L'unica decorazione rimasta è leggibile nei capitelli dalle diverse figurazioni a elementi floreali, talvolta commiste a mostri ne figure umane.