Ospitato in due locali appartenenti alla Chiesa di S. Pietro, già utilizzati come deposito e cisterna, il Museo si articola in due Sale Espositive contigue.

La Sala I ha carattere introduttivo e propone, con un apparato didattico-illustrativo, l’aspetto geologico, vulcanologico e naturalistico dell’isola, nonchè la cronologia storica. Nella stessa Sala sono esposti alcuni reperti archeologici, inquadrabili tra il Neolitico Superiore (seconda metà IV millennio a.C.) e la Media Età del Bronzo. L’esposizione è arricchita anche da un plastico che riproduce i pozzetti, riferibili alla Prima Età del Bronzo (Cultura di Capo Graziano, XVIII-XV sec. a.C.),

Nella Sala II sono esposti materiali di Età Greca e Romana, costituiti da frammenti di ceramica a vernice nera ed in “terra sigillata africana” provenienti dalla zona della Calcara e da oggetti di corredo funerario provenienti dalla necropoli di Drautto. Interessante la presenza di due cippi funerari iscritti, di cui uno rinvenuto a Basiluzzo, datati tra il V ed il IV sec. a.C. Particolarmente significative sono le testimonianze dei rinvenimenti subacquei a cui si riferiscono: le anfore di tipo greco-italico della seconda metà IV-inizi III sec. a.C., provenienti da un sequestro; il vasellame a vernice nera dal Relitto di Dattilo  del IV sec. a.C.; le anfore, provenienti dal relitto Alberti, della seconda metà del I sec. d.C., nonché un ceppo d’àncora e tre anfore sporadiche.