Sede dell'esposizione museale è il Palazzo Pes-Villamarina, testimone delle fortune della famiglia dei nobili cavalieri Pes. Con Michele Pes, vescovo di Ampurias e Civita, il palazzo fu residenza episcopale e Seminario. Dopo un lungo periodo di abbandono, dal 1964 al 2000, Palazzo Pes-Villamarina è rinato come luogo per molteplici attività: Ufficio per i Beni Culturali Ecclesiastici, Archivio Storico Digitale e Biblioteca Storica, sezione staccata della Biblioteca Diocesana.

Il Museo espone importanti opere d'arte, tra le quali spicca la statua di San Sebastiano di Pierre Pouget, scultore alla corte del Re Sole. Cuore della collezione museale è il pregevole patrimonio librario antico, ricco di cinquecentine e rarità tipografiche.