Il Museo si articola in tre sezioni.

- Le collezioni storiche. La vasta esposizione (alcune migliaia di pezzi) si sviluppa in begli armadi e ampie vetrine illuminate con fibre ottiche lungo tutta la grande galleria al piano terra del Dipartimento di Fisica.

- Gli apparecchi e strumenti della Fisica di questo secolo, fino ai nostri giorni. Sono stati ricreati ambienti di lavoro e situazioni sperimentali tipiche della Fisica moderna per mezzo di arredi, suppellettili a strumenti rigorosamente originali e coevi.

- La sezione interattiva degli Esperimenti di Fisica a disposizione del pubblico. Da qualche anno il Prof. Guido Pegna ed il suo gruppo stanno attivamente cercando di trasformare il Museo in un luogo nel quale i visitatori possano interagire in prima persona con esperimenti ed exhibit messi a loro disposizione. Lo scopo è quello di giungere ad una situazione nella quale si possa venire a contatto con la scienza e con un modo di fare scienza che sia piacevole, accattivante, fonte di curiosità, incentivo al fare.