Il percorso di visita del Museo Missionario si articola tra stanze tecnologiche e stanze tipicamente adibite all'esposizione di opere pittoriche e oggetti, il tutto seguendo delle narrazioni in audioguida che ne evidenziano le peculiarità.

Tra le tante opere e oggetti presenti nel museo, primeggiano le tre collezioni presenti nella Sala Borgia e nella Missionaria, ovvero: la Collezione Borgia, lasciata dal Cardinale Stefano Borgia e comprendente una serie di antichità provenienti da tutte le missioni del mondo; la Collezione Cuarterón opere donate a Propaganda Fide per mano del missionario Carlos Cuarterón che descrivono i luoghi da lui esplorati; e la Collezione Giapponese, appartenente al Collegio San Pietro, che ritrae scene di vita reale nipponica.