Il percorso museale si snoda in diverse sale espositive in cui sono esposti pezzi che vanno dall’epoca romana fino all’Ottocento: tra gli oggetti di arredo liturgico spicca il preziosissimo altare con Agnus Dei (Agnello di Dio), dedicato nel 1113 da papa Pasquale II. Di notevole interesse, inoltre, la cassetta reliquiario in piombo, databile ai primi decenni del XII secolo, rinvenuta nell’incasso dell’altare e contenente due piccole olle con le reliquie di alcuni santi tra cui Pietro apostolo.

Di particolare pregio anche i resti delle originarie vetrate, in stile neogotico, con scene del Nuovo Testamento e con gli stemmi delle famiglie Doria e Pamphilj.

Il percorso si conclude con la visita alla chiesa di Santa Maria in Cappella, dove è ancora visibile il lungo lavoro di scavo archeologico nelle navate laterali; un cantiere ancora aperto che ha portato alla luce reperti in ceramica e frammenti murari databili tra il IV e il V secolo, che raccontano la storia delle strutture precedenti alla costruzione dell’edificio di culto ma anche la vivace vita del quartiere.