La storia del museo ebbe inizio nel 1884 quando la cattedra di scienze della Sapienza fu affidata a Giuseppe Sergi. Nel 1887 sia l'istituto che il museo furono collocati nel palazzo del Collegio Romano presso Piazza Venezia a Roma. Vi si accedeva da una porticina al primo piano che immetteva in un lungo corridoio con, ai lati, dei mobili e degli scaffali che ospitavano le collezioni antropologiche e naturalistiche tra le più disparate. Tra il 1929 ed il 1935 il museo si arricchì dei crani dell'uomo di Saccopastore. Nel 1938 sia l'istituto che il museo vennero trasferiti alla città universitaria e collocato al secondo piano dell'edificio di psicologia-antropologia, mentre, dal 1982 è stata collocata un'ala espositiva permanente che ospita la divulgazione dell'antropologia.

Oltre ai già citati crani dell'uomo di Saccopastore vi sono conservati:

- il cranio ed altri scarni resti dell'uomo della Maiella
- scheletri di vari periodi preistorici di varie parti del mondo
- una collezione di primati
- degli srtumenti antropologici e psico-fisiologico risalente alla fine dell'800