L'attuale conformazione patrimoniale del Museo è frutto di numerose acquisizioni, che si sono susseguite a partire dall'inaugurazione del 1962 sino a quelle più recenti dal Museo delle Origini (2004) e dal Museo Preistorico Etnografico L. Pigorini (2005). Il museo si divide in due sezioni:

- La collezione Gorga con ceramiche etrusche ed italiche risalenti ad un periodo tra l'età arcaica e tardo ellenica, e bronzi etrusco-italici e romani.
- La collezione Rellini con materiali falisci, capenati e relativi al versante adriatico

Il museo occupa due piani ed occupa una superficie complessiva di 570 m² compresi tra il pianterreno ed il seminterrato nel palazzo di lettere e filosofia, facoltà di scienze umanistiche.