La torre, eretta per ordine del Re Carlo V nel XVI secolo era destinata all'avvistamento e per la difesa delle coste salentine contro le invasione dei pirati Saraceni, nella sommità vi era una pira di legna che veniva accesa in caso di avvistamento di navi saracene (nella tradizione popolare è rimasta a rappresentazione di una situazione di pericolo il detto "mamma li turchi" ovvero: attenzione arrivano i saraceni e/o turchi) per avvisare, con il fumo prodotto dalla combustione, le altre torri costiere limitrofe e quelle presenti nelle masserie nell'entroterra. Al primo piano vi è un locale dove erano posizionate le sentinelle, esse avevano a disposizione dei cavalli attraverso i quali, in caso di una imminente invasione, avvisavano la popolazione dei paesi nell'entroterra, compreso il capoluogo di Ugento. Torre Mozza apparteneva anticamente al territorio di Gemini che a sua volta era un ex Feudo della Mensa vescovile.
Realizzata nel 1565 con il nome di torre dei Fiumi e crollata appena ultimati i lavori, è stata successivamente riedificata. Nel corso dei secoli sono avvenuti crolli parziali della stessa. Per questo le è stato attribuito il nome di Torre Mozza.
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