Sito all'interno della chiesa di San Paolo Eremita, raccoglie importanti testimonianze storico, artistiche e devozionali della città. Il museo è intitolato a Giovanni Tarantini, canonico brindisino del XVII sec. e appassionato di antichità, docente di teologia al locale seminario sino al 1851, fu bibliotecario della "Annibale De Leo" e iniziatore delle civiche raccolte d'antichità. All’interno del museo spicca per importanza e bellezza, l’arca reliquiario di S. Teodoro d’Amasea, con lastre sbalzate in argento e lo sciamito in seta che custodiva le reliquie del Santo. Importantissima testimonianza storica è la pergamena datata 1219 e firmata dall’Imperatore Svevo Federico II, mentre particolare interesse desta l’Idria in marmo serpentino.