Il Museo ospita una sezione dedicata ai Cetacei, la piu’ importante raccolta presente in Puglia, con scheletri completi di Tursiope, Stenella, Grampoe Zifio, questi ultimi di notevole importanza scientifica e di estrema rarita’ nel panorama museale italiano. Il museo è articolato in diverse sezioni: cetologica, rettili marini, invertebrati marini, ornitologica, acquari. Il percorso espositivo si snoda tra le meraviglie subacquee più piccole e la più importante collezione di cetacei della regione.

Si possono ammirare alcuni esemplari della tartaruga più diffusa nel Mediterraneo, la celebre Caretta caretta, la ricca e antica collezione ornitologica, uno spazio dedicato agli invertebrati marini con numerosi molluschi ed echinodermi crostacei. Particolarmente interessante è la collezione cetologica che comprende diversi scheletri di delfini, tra questi due Grampi, rispettivamente una femmina e il suo piccolino.