Gli ambienti delle cosiddette “cripte longobarde” sono tornati alla luce in seguito agli scavi promossi dall’Arcidiacono del Capitolo, mons. Nicola Quitadamo negli anni 1949‑1955 e costituivano il primitivo nucleo dell’opera dell’uomo attorno alla grotta naturale.

Lunghe circa 60 metri, le cripte si sviluppano sotto il pavimento della Grotta e del corridoio di accesso ad essa. Il primo ambiente, di circa 45 m, giunge fino al possente muro di sostegno, sul quale, al livello superiore, è poggiata la Porta di Bronzo. Esso si presenta come una galleria, articolata in otto campate rettangolari, con volta a botte, tra loro comunicanti tramite arconi trasversali che spiccano da grossi pilastri aggettanti dalle pareti laterali. Come prassi per i luoghi di culto, vi si notano appendici riconoscibili chiaramente come celle mortuarie.

Nella suggestiva galleria longobarda è ospitato il Museo Lapidario, patrimonio della Basilica, che raccoglie più di 200 manufatti scultorei di vario tipo provenienti dagli scavi del Santuario e da alcuni monumenti della città di Monte Sant’Angelo: l’ex chiesa di S. Pietro, il Battistero di San Giovanni in Tumba, l’abbazia di S. Maria di Pulsano e il complesso monastico dei Celestini.

Il Corpus dei Tesori del Culto Micaelico (TECUM) conta tra le sue interessanti attrattive particolarmente il Museo Devozionale, riallestito nel 2008 in ambienti capienti ed idonei, realizzati appositamente. Esso custodisce tutto ciò che oggi appartiene alla Basilica: un tesoro che riconosce lo stesso valore a paramenti, suppellettili liturgiche, tavolette votive, argenti, ori e oggetti d’uso quotidiano e riconosce la stessa dignità di offerenti ai papi e ai fedeli, agli imperatori e ai loro sudditi. Nemmeno i Francesi, i quali razziarono nel 1799 tutto il possibile, riuscirono ad azzerare e distruggere questo prezioso patrimonio di testimonianze di una fede che continuamente si vivifica e si rinnova fra le generazioni e si manifesta con il valore del dono tangibile e duraturo.