La cripta della Madonna della Favana risale al IX-XI secolo. La denominazione è legata alla malattia del favismo; originariamente il complesso cultuale era dedicato a Santa Maria di Veglie la cui immagine affrescata di stile bizantino era venerata dai fedeli contro il grave male del favismo. Alla cripta, scavata in un banco calcarenitico, si accede per mezzo di un dromos in cui è stata ricavata una scala di tredici gradini. Presenta una pianta a navata unica monoabsidata e orientata a est, secondo lo schema liturgico greco. Entrando, a sinistra, c'è il pastophorion (vano di servizio per la liturgia).

Il pavimento è in terra battuta. Le pareti sono ricoperte da un vasto ciclo pittorico databile al XV secolo, raffigurante una Madonna col Bambino, una Madonna Allattante e diversi santi (san Michele Arcangelo, santo Stefano, sant'Andrea apostolo, sant'Antonio abate, SS. Trinità, san Francesco d'Assisi, sant'Antonio di Padova, san Pietro e san Paolo). La presenza di santi appartenenti ai culti orientale e occidentale, oltre alle scritte in greco e in latino, esprime l'intreccio culturale che ha contraddistinto questo insediamento rupestre. Il soffitto piano reca un'immagine del Cristo Pantocratore attorniato da quattro angeli e dai simboli dei quattro evangelisti. La struttura ipogea fu custodita per alcuni secoli dai Frati Minori Conventuali del vicino convento.