La cripta fu adibita nei secoli a luogo di culto nel contesto del piccolo villaggio rupestre che lo circonda. L'area su cui si sviluppa è di notevole interesse archeologico e registra la presenza umana almeno dal IV secolo a.C. È ubicata sulla cosiddetta Via Sallentina, un tracciato di epoca messapica e romana che collegava Otranto a Taranto, attraversando Castra Minervae, Veretum, Uzintum, Baletium, Neretum e Manduris, il cui percorso si evince dall'antica Tabula Peutingeriana.

La cripta, interamente scavata nella roccia tufacea, è il risultato di modifiche e aggiunte nella pianta e nell'architettura, come dimostrano le due colonne circolari del XVI secolo con capitello dorico, l'aggiunta di un altare sulla parete orientale, sovrastato da un affresco seicentesco raffigurante la Crocifissione (da cui il nome della cripta), un lucernaio creato successivamente e l'occlusione dell'ingresso originario a ovest. Si accede mediante una porta a nord, cui fa seguito una scalinata voltata a botte che porta verso il vano ipogeo. L'ingresso è arricchito da una lunetta affrescata con la scena della Sacra Famiglia.