Il museo custodisce al piano terreno una vasta biblioteca di scritti e studi mazziniani. Al piano superiore è sistemato in tre sale un Museo in cui sono raccolti cimeli e testimonianze del Risorgimento, un busto bronzeo ad opera di Giulio Giuggi, indumenti e la maschera funebre di Mazzini.

Giuseppe Mazzini, che viveva da diversi anni in esilio in Svizzera, dato il peggioramento delle sue condizioni di salute e sentendo la morte vicina, nel 1872 decise di tornare in Italia e nonostante non avesse condanne pendenti decise di farlo sotto il falso nome di Giorgie Brown, probabilmente in riferimento all'attivista John Brown. Quindi il 6 febbraio del 1872 si stabilì a Pisa, ospite in questa casa all'epoca di proprietà di Pellegrino Rosselli, antenato dei fratelli Rosselli e zio della moglie di Ernesto Nathan. Mazzini nell'anonimato continuò a scrivere e a intrattenere corrispondenze epistolari sino a quando il 10 marzo del 1872, nel letto di questa casa morì.

L'amico Agostino Bertani invitò a Pisa Paolo Gorini, noto preparatore di cadaveri dell'epoca, per mummificare la salma prima dell'esposizione pubblica. Gorini tuttavia arrivò in città solo due giorni dopo la morte di Mazzini e non poté che limitarsi ad arrestare il processo di decomposizione. Dopo l'esposizione pubblica e i funerali, svoltisi il pomeriggio del 14 marzo sempre a Pisa e ai quali partecipò una grande folla, la salma fu portata in treno a Genova dove venne sepolta al Cimitero monumentale di Staglieno.