L'allestimento museale si propone con una visita diffusa di tipo "emozionale" tra le diverse strutture dell'area dedicata a tematiche ambientali, artistiche, storiche. In particolare lo Chalet-liberty, ospita oggi un museo multimediale. Nelle sale è presente "Imago" un percorso digitale sulle esplorazioni che utilizza tecnologie 4D quali ologrammi, videomapping, experience interattive.

Al centro del parco sorge un grande edificio con corpo a "T", un tempo adibito a lavanderia della Villa. Riqualificato nel corso degli ultimi venti anni, ospita al piano terra uno spazio polifunzionale per mostre e iniziative di vario genere. Al piano rialzato è presente un'area multimediale per famiglie con percorsi ludici-digitali sull'ambiente e sulla storia del sito.

Il complesso museale è inserito in un grande parco collinare affacciato sul Lago Maggiore. Nato a partire dal 1850, faceva parte dell'area verde di Villa Faraggiana (composta in totale da 7 ettari). Oggi, il parco del Museo è ricavato da una porzione del parco originale. Comprende alberi da frutto, fiori, siepi, piante secolari di origine locale ed esotica, impiantati sia per ordine degli stessi Faraggiana, sia per volere delle Suore Poverelle di Bergamo che hanno gestito per circa 50 anni l'intera proprietà.

L'area verde, accessibile tramite scalinate e rampe, è stata resa interamente digitale a partire dal 2018. Ospita l'allestimento "ParcoCultura" con una segnaletica informativo-culturale sulle principali specie botaniche e con la possibilità di accedere tramite lo smartphone a contenuti multimediali, tra i quali uno specifico percorso di visita rivolto ai bambini. Fondazione UniversiCà ha inoltre rintracciato una variante di camelia japonica che i botanici dedicarono ad Amalia Faraggiana, nella seconda metà dell'Ottocento.