Il complesso si compone della chiesa, posta a levante, e degli edifici conventuali. La distribuzione dei vari locali si articola attorno a due ampi chiostri su cui si affacciano: i locali del museo, il grande refettorio e, al primo piano, la biblioteca dal tipico disegno a tre navate, separate da due file di eleganti colonne.
La chiesa, a croce latina, di gusto tardorinascimentale, possiede dieci cappelle che fiancheggiano la navata. Nonostante le distruzioni e le spoliazioni subite nel corso dei secoli, il complesso ancora conserva pregevoli opere: Giudizio Universale di Giorgio Vasari, originariamente pala di un altare, smembrato nel 1710; Adorazione dei Magi sempre del Vasari; uno stupendo coro ligneo del XVI secolo intagliato da Angelo Marini, raffiguranti numerosi santi; il mausoleo di Pio V, deturpato dalla separazione dell'urna funeraria.
Nell’ottobre del 2011 fu inaugurato il museo con l’allestimento della prima sala nella quale, oltre le 10 tavole minori del progetto iniziale, si aggiunse anche la grande tavola del “Martirio di San Pietro da Verona” nel frattempo restaurata e rimossa dalla precedente collocazione nella chiesa.
Il nucleo principale del museo è costituito dalle tavole provenienti dal maestoso altare maggiore della chiesa progettato da Giorgio Vasari. I dipinti furono realizzati da Giorgio Vasari stesso e dalla sua bottega.
Si consiglia di verificare la corrispondenza degli orari di apertura contattando direttamente la struttura.
